特殊训练的核心在于根据精灵的种族值、属性克制和技能池进行针对性培养。喷火龙、水箭龟、皮卡丘、阿伯怪、尼多王和胖可丁是经过验证的六种适合特殊训练的精灵。喷火龙凭借猛火特性和高攻击种族值，可通过鼓腹强化后搭配火焰拳、地震等物理技能实现爆发输出；水箭龟作为防御型工兵，利用高速旋转清除场地障碍，配合热水和剧毒消耗对手；皮卡丘的静电特性与伏特攻击、神速组合能快速压制对手。这些精灵的培养方向需结合其特性与战斗定位，而非单纯追求等级提升。
毒系精灵在特殊训练中具有独特优势。阿伯怪的威吓特性可削弱对手物攻，通过盘卷强化后配合垃圾射击和突袭形成攻防一体的战术；尼多王则依赖毒刺特性与特攻向技能池，大地之力与污泥波的组合能覆盖多种属性克制。胖可丁凭借好胜特性与祈愿保护体系，成为队伍中的续航核心，巨声与治愈铃铛的搭配能有效应对状态干扰。毒系精灵的特殊训练需注重技能衔接与战场节奏控制，尤其在对抗超能系和妖精系时需谨慎操作。
传说宝可梦在特殊训练中占据重要地位。闪电鸟、急冻鸟和火焰鸟作为三神鸟，分别拥有电系、冰系和火系的顶级特攻能力，其技能学习面覆盖十万伏特、暴风雪和喷射火焰等高威力招式。超梦则是游戏中最强特攻手，精神干扰与阴影球的组合几乎没有盲点。这些神兽的特殊训练需优先考虑技能机分配，例如急冻鸟学习心眼+绝对零度的必杀组合，或闪电鸟携带打雷与光墙的战术配置。
特殊训练需结合游戏进程分阶段实施。前期以御三家为核心培养物攻或特攻基础，中期通过月见山和无人发电厂捕捉阿伯怪、皮卡丘等补充队伍短板，后期则集中资源培养神兽和准神兽。技能机分配需遵循属性互补原则，例如水箭龟学习急冻光线反制草系，喷火龙配备龙爪针对龙系。个体值与努力值的隐性参数同样影响训练效果，通过反复对战特定野生精灵可定向提升努力值。
精灵球的选用直接影响特殊训练效率。大师球建议保留给超梦或急冻鸟等难以捕捉的传说宝可梦，普通精灵球配合状态异常手段足以收服大部分野生精灵。游戏未引入后续世代的特殊球种，因此需合理利用睡眠、麻痹等异常状态提高捕获率。特殊训练完成后，可通过战斗探测器反复挑战训练师检验实战效果，例如一号岛灯火山温泉区域的高等级训练师是理想的测试对象。
